В настоящее время в структуре центра действует семь лабораторий:
лаборатория по проведению экспертиз (включает два сектора: сектор фасадных работ и сектор металлоконструкций);
лаборатория испытаний грунтов и оснований фундаментов;
лаборатория строительной физики (включает сектор тепловизионного обследования);
лаборатория дорожного строительства;
лаборатория геодезии, мониторинга и натурных обмеров;
лаборатория испытаний строительных материалов и конструкций (включает сектор испытаний конструкций и бетонов);
лаборатория отделочных материалов и керамики (включает два сектора: сектор отделочных материалов и сектор керамики).
«Однако в наших планах дальнейшее развитие центра и открытие новых подразделений», — сказал руководитель центра В. Егоров. «Появившиеся в первую очередь в структуре центра лаборатории обеспечивают контроль над механической безопасностью конструкций объектов строительства».
В настоящее время ГБУ ЦЭИИС продолжает заниматься строительной наукой и готовится к открытию новых, более детальных лабораторий.