Тариф на транспортировку нефтепродуктов Транснефть устанавливает самостоятельно, ФАС ведет мониторинг.

В начале декабря 2017 г на совещании по тарифному регулированию у премьер-министра РФ Д. Медведева была одобрена дополнительная индексация грузовых железнодорожных тарифов на 1,5% в 2018 г, помимо уже согласованной индексации на 3,9%, для возмещения потерь РЖД от налоговых решений. Общий грузовой тариф для РЖД устанавливает правительство. В 2017 г РЖД получили дополнительную надбавку 2%, таким образом, общая индексация составила 6%, хотя рост тарифа не должен превышать инфляцию. За счет дополнительной надбавки компания финансирует обновление инфраструктуры железнодорожного транспорта общего пользования. Согласно долгосрочной формуле индексации грузового тарифа РЖД, компания будет повышать его по формуле «инфляция минус 0,1 процентного пункта».

РЖД с 2013 г могут в определенных случаях регулировать уровень тарифа на грузовые перевозки в рамках тарифного коридора. РЖД повысила тарифы на грузоперевозки с 1 января 2014 г. По словам эксглавы РЖД В. Якунина, это была вынужденная мера, так как отказ от индексации тарифов на тот момент грозил РЖД убытками в 60,1 млрд руб, проще говоря компания недосчитается 93,2 млрд руб выручки. В феврале 2017 г Роснефть, предложила правительству РФ заморозить на 20 лет тарифы РЖД на перевозку нефти на российские НПЗ и на перевозку их нефтепродуктов.